小竹です。

既に終了したNPOの清算結了についてふと思い出したのですが、顧客様から「清算結了の手続き後、実は会社の権利義務がまだ残存してました。どうしましょう。。。」みたいな話になったら、どうなるのかな？と思案してました。
その法人については、時間が経過しているので余り心配がないのですが、今後別件で無いとも言い切れない話だと思っております。

清算株式会社においては、清算が結了した段階（清算事務を終了して、決算報告の承認を受けた時）で法人格が消滅します。その後の清算結了の登記は事後報告的なもので、効力要件ではありません。（真逆の会社設立は、登記が効力要件。形成登記ともいう。）

さて、最初の疑問ですが、清算結了の登記がされれば形式上その法人の登記記録が閉鎖されてしまいますが、（商登規則80条）結論から言えば、清算結了の登記を抹消することが出来ます。

やはり、清算結了の登記をしたとはいえ、会社の権利義務が残存していることが発覚したならば、法人格自体は消滅しないからです。
ただし、「清算結了の抹消の登記」が必要な事例には出くわしたことがありません。。。。

というか、余程の最終決算報告書の承認の見落としでもない限り、あってはならないような手続きですよね・・・