昔からよくあるトラブルです。

「上司が嫌がらせをしてきて、そのことについて何度もその上の者に申告したが、きちんと対処してくれず、色々あってそのまま出勤しなくなった。」

「退職届がどうしても受理してもらえず、そのまま出勤しなくなった。」

「会社に行くと、ロッカーや机など片づけられていて就業を拒否された。」

最近よく「日本は文明国とは思えない」という声を聞きますが、まぁそれは間違いではないです。
退職に関わるトラブルでポイントとなるのは、その上司の処し方です。現在でもおそらく労務管理を進める上で最も高いハードルは管理職教育であろうと思われます。トップはどんどん売り上げが伸びる方策(商品開発、受発注先の開発など)を立てていくわけですが、残念ながら「人が追いついていかない」という明治の近代化のときにあったような状態が想起できるわけです。詰まるところ、追いついていっているようにみせるために、不祥事に発展する辻褄合わせをされるわけです。会社も騙されるということです。
しかし、不祥事を防ごうと厳しい管理体制を敷けば、病巣はもっと深いところに移行することになります。こういう問題は、規則等外形的な政策から入っては解決にはなりません。

顧問を呼んで、ひとつひとつ具体的に解決させることです。「症例に合わせて」それぞれケーススタディを作り、その成果により、類似解決例等がまとまってきた段階で、規則等にあげるとよいでしょう。その会社の弱点はそうして強みに変わっているはずです。